Isoviha erottaa nuoren parin kohtalokkaassa rakkaustarinassa.
Venäjän vallattua Suomen aatelisto pakenee isoavihaa Ruotsiin. Myös kreivin tytär Aurora Hörhammar lähtee matkaan ja jättää taakseen salarakkaansa Olavi Sepän, miehen, jota neidon suku karsastaa. Pakomatkallaan Auroran on pakko turvautua Ottilia-tätinsä hallinnoimaan kartanoon. Julma ja armoton Ottilia ei perusta Auroran lempeästä suhtautumisesta palvelusväkeen, ja kartano osoittautuu olevan Auroralle vaaroja täynnä. Karkottaakseen Auroran kartanosta Ottilia keksii nimittäin ovelan juonen, jolla Aurora joutuu syytetyksi noituudesta...
Noidan merkki on väkevä kuvaus isonvihan ajan Suomesta. Oikeamielinen neito Aurora vedetään mukaan hurjaan noitaoikeudenkäyntiin, joka uhkaa koitua hänen kohtalokseen. Löytävätkö Aurora ja Olavi vielä tien toistensa luo?