Rilevamento di ortologhi e paraloghi mediante albero filogentico

L'ortologia e la paralogia sono concetti centrali nella biologia evolutiva. La previsione di ortologhi (geni omologhi che divergono a causa della speciazione) e paraloghi (geni omologhi che divergono a causa della duplicazione) è parte integrante di molti metodi di genomica comparativa. Esistono numerosi metodi utilizzati per dedurre l'ortologia e la paralogia. Gli ortologhi e i paraloghi possono essere dedotti utilizzando metodi basati su grafi e filogenetici. Tuttavia, i metodi basati sulle analisi filogenetiche si avvicinano molto alla definizione originale di ortologia e paralogia e sono noti per essere accurati. Nel presente lavoro, è stata sviluppata una pipeline per il rilevamento di ortologhi e paraloghi basata sull'approccio filogenetico. Una serie di proteine è stata scaricata da UniProt ed è stato sviluppato un database. Sono stati individuati ortologhi e paraloghi per la sequenza proteica di query. L'algoritmo di sovrapposizione delle specie e la soglia di distanza patristica a coppie sono stati utilizzati per identificare una previsione accurata e regolare di paraloghi e ortologhi. È stata sviluppata un'interfaccia facile da usare.

Manpreet Singh a plus de 14 ans d'expérience dans le domaine de la biologie informatique. Il s'intéresse notamment aux méthodes d'apprentissage automatique en bioinformatique, à l'analyse des données en biologie végétale et aux méthodes informatiques dans le domaine de la sélection des cultures.