Symulacja danych z mapowania przez eksperymenty sekwencjonowania

Niedawne post-py w technologiach sekwencjonowania nowej generacji (NGS) skróci-y czas potrzebny na identyfikacj- mutacji w genetyce wyprzedzaj-cej, jednym z g-ównych sposobów charakteryzowania funkcji genów u ro-lin. Metodologia stosowana do identyfikacji mutacji indukowanych przez mutageny fizyczne lub chemiczne w populacji mapuj-cej jest znana jako mapowanie przez sekwencjonowanie. W-ród ró-nych technik wykorzystuj-cych t- metodologi- wyró-nia si- mapowanie nowej generacji (NGM), poniewä wymaga niewielkiej liczby mutantów w populacji mapuj-cej. Jednak w opublikowanych pracach nie jest jasne, dlaczego parametry u-yte do utworzenia populacji mapuj-cej (liczba osobników, liczba mutantów, sposób krzy-owania) i do sekwencjonowania (zastosowana platforma, metoda sekwencjonowania, pokrycie) zostäy wykorzystane w eksperymentach. Z tego powodu opracowano potok bioinformatyczny, który umo-liwia symulacj- danych z eksperymentów wykorzystuj-cych technik- NGM z modelow- ro-lin- Arabidopsis thaliana, jedn- z najcz--ciej badanych i sekwencjonowanych ro-lin w literaturze.

Elle est titulaire d'un diplôme en systèmes d'information de l'Université fédérale du Pará (2010) et d'un master en génétique et biologie moléculaire de l'Université fédérale du Pará (2016). Elle est actuellement doctorante à l'Université fédérale du Pará. Il a de l'expérience en génétique, avec un accent sur la bioinformatique.