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Dieses Lehrbuch führt in die grundlegenden Konzepte der Bioinformatik ein und verbessert die Fähigkeiten der Studierenden im Umgang mit Software und Werkzeugen, die speziell für die Lösung von mikrobiologischen Fragestellungen relevant sind. Es werden die wichtigsten Methoden zur Analyse von Daten aufgezeigt und die Leser werden darin geschult, auf der Grundlage der erzielten Ergebnisse gültige Schlussfolgerungen zu ziehen. Weiters stellen die Autoren hilfreiche Programme und Server vor, die kostenlos im Internet genutzt werden können, präsentieren aber zusätzlich fortgeschrittenere eigenständige Software als zweite Option.. Zur Vertiefung des Erlernten werden am Ende jedes Kapitels unterhaltsame Übungen und Quizfragen angeboten.
Das Buch richtet sich an Doktoranden und fortgeschrittene Studierende der Mikrobiologie, Biotechnologie und (Veterinär-)Medizin mit geringen bis grundlegenden Kenntnissen in Bioinformatik.
Dr. Henrik Christensen Henrik Christensen (MSc, PhD, DVSc) ist außerordentlicher Professor für Populationsgenomik und Bioinformatik an der Abteilung für Veterinärmedizin und Tierwissenschaften der Universität Kopenhagen. Er erforscht die Übertragung opportunistischer Krankheitserreger und die Taxonomie von Spezies aus der Familie der Pasteurellaceae. Er leitet einen Doktorandenkurs zu Bioinformatik mit Schwerpunkt Mikrobiologie und vermittelt Fachkenntnisse in der Analyse von pathogenen Escherichia coli in Vögeln.
Kapitel 1: Einführung.- Kapitel 2: Zusammenbau von DNA-Sequenzen und Annotation von Genen.- Kapitel 3: Datenbanken und Proteinstrukturen.- Kapitel 4: Paarweises Alignment, multiples Alignment und BLAST.- Kapitel 5: Primerdesign.- Kapitel 6: Kurze Einführung in die phylogenetische Analyse von molekularen Sequenzdaten.- Kapitel 7: Sequenzbasierte Klassifizierung und Identifizierung von Prokaryoten.- Kapitel 8: 16S rRNA-Amplikonsequenzierung für Metagenomics.- Kapitel 9: Full DNA Metagenomics.- Kapitel 10: Transcriptomics.- Kapitel 11: Molekulare Typisierung von Prokaryoten.
